From the classroom to an opinion note: complementary analysis of the genetic structure of the neotropical tree manilkara zapota (L) P. Royen (Sapotaceae)

Here, we describe a learning strategy that results an excellent choice for a first approach of students to produce scientific knowledge that can be confronted in the scientific field as well as recognize in this knowledge the transferability to the natural resources management. Nowadays, the availability of several Population Genetics software together with public molecular database represents a valuable tool of great assistance for teachers of this discipline. In this way, we implemented a lecture where the students worked with empirical data set from a recent published article. The students joined theoretical concepts learned, computational software free available and empirical data set. The development of the activity comprised four steps: i) estimate population genetics parameters using software recommended by teachers, ii) understand results in a biological sense, iii) read the original manuscript from dataset authors and iv) compare both results in a comprehensive way. The students assumed the challenge under a reflective look and they kept a very fruitful discussion playing a role of population geneticists. Their exchange of ideas allowed them arrive to the conclusion that Manilkara zapota populations keep high levels of genetic diversity, although Ancient Maya left traces in the genetic makeup of these non-native populations with different management histories.Fil: Barrandeguy, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; ArgentinaFil: Sanabria, Daiana Jimena. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: García, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; Argentin

Estudio de la Infección con virus JC y HPV en Misiones: Análisis Étnico-Geográfico según marcadores moleculares uniparentales (ADNmt) y heterogeneidad viral

La población de la provincia de Misiones es resultado de un proceso de miscegenación que involucró indígenas Guaraníes, conquistadores españoles del siglo XVI e Inmigrantes de diversos lugares de Europa (SXX); además su posición geográfica también ha favorecido la migración fronteriza, tanto de Brasil como de Paraguay. Esta situación supone un escenario único para estudios de Antropología y Epidemiología. El objetivo de este estudio fue realizar un aporte desde la genética a la historia del poblamiento de Misiones. Con este fin se realizó la caracterización genética de la población a través del ADN mitocondrial, como así también la determinación de las variantes circulantes de HPV16 y de JCV presentes en población urbana de Misiones.Se realizaron muestreos en el sur, centro y norte de la provincia. Los análisis moleculares se realizaron sobre el ADN total extraído a partir de estas muestras. Se realizó la amplificación y secuenciación de la región HV-I del ADNmt., del gen VP1 del virus JC y del gen L1 de HPV-16. Además, se llevaron a cabo análisis estadísticos de estructura genética poblacional, análisis bayesianos para datar el Ancestro Común Más Reciente de cada dataset, sus reconstrucciones demográficas y finalmente un análisis de Redes para evidenciar procesos demográficos asociados a cada marcador en la población.La historia del poblamiento de Misiones se ve reflejada en los patrones genéticos arrojados por el ADNmt, Los 3 grandes linajes: asiático-americano, europeo y africano, están presentes en el pool génico de su población actual. Además, los marcadores genéticos virales también reflejaron los procesos demográficos propios de la provincia. En un contexto histórico, HPV-16 podría interpretarse como una fuerte irrupción del virus durante la colonización española (Siglo XVI) y/o la inmigración europea del Siglo XIX-XX. Por otra parte, la coexistencia de variantes introducidas y autóctonas de JCV en la población, refleja el perfil tri-híbrido de los procesos de poblamiento de Misiones, incluyendo nativos americanos (Guaraníes), inmigrantes europeos y migrantes fronterizos de Paraguay y Brasil. Estos resultados aportan nuevas perspectivas sobre el origen y composición genética de la población de Misiones, y las corrientes migratorias implicadas en el establecimiento de su población actual.Fil: Sanabria, Daiana Jimena. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentin

Fisher, Haldane and Wright would be proud owing to population genetics has become in a defiant study area in the genetics researches

Population genetics is one of the most dynamic areas of investigation within biological sciences. Moreover, this discipline offers a challenge, which is not encountered in most others biological sciences because its main challenge is theoretical rather than experimental. However, its theoretical development come up from analysis of empirical data although in some cases the empirical support arises after the theoretical development. Hence, it could be seen as a feedback between empirical data and theoretical development to understand and explain in the best possible way how natural populations evolve. Mathematical models are widely employed in population genetics; these models represent a simplification of a complex situation and inevitably they are unable to show all the relationships of the real situation. Hence, the choice of few identifiable factors to describe the real and complex situation is a challenge. Population geneticist are interested in complex situations that involved several factors such as birth, death, population size, patterns of mating, geographical distribution of organism, among others. In this way, the population geneticist tries to describe the effect of a large number of individual events by complete while physicist or chemist work with statistical average of molecular behavior of each individual molecule.Fil: Barrandeguy, Maria Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; ArgentinaFil: Sanabria, Daiana Jimena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad Nacional de Misiones; ArgentinaFil: García, María Victoria. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Genética; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Posadas; Argentin

Evolutionary analysis of JC polyomavirus in Misiones’ population yields insight into the population dynamics of the early human dispersal in the Americas

Background: JC polyomavirus (JCV) has an ethno-geographical distribution across human populations. Objective: Study the origins of the population of Misiones (Argentina) by using JCV as genetic marker. Methods: Viral detection and characterization was conducted by PCR amplification and evolutionary analysis of the intergenic region sequences. Results: 22 out of 121 samples were positive for JCV, including 5 viral lineages: MY (n = 8), Eu-a (n = 7), B1-c (n = 4), B1-b (n = 2) and Af2 (n = 1). MY sequences clustered within a branch of Native American origin that diverged from its Asian counterpart about 21,914 years ago (HPD 95% interval 15,383–30,177), followed by a sustained demographic expansion around 5000 years ago. Conclusions: JCV in Misiones reflects the multiethnic origin of the current population, with an important Amerindian contribution. Analysis of the MY viral lineage shows a pattern consistent with the arrival of early human migrations to the Americas and a population expansion by the pre-Columbian native societies.Fil: Pereson Moschen, Matias Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; ArgentinaFil: Sanabria, Daiana Jimena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; ArgentinaFil: Liotta, Domingo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación.Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán"; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; ArgentinaFil: Schurr, Theodore. University of Pennsylvania; Estados UnidosFil: Di Lello, Federico Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular; ArgentinaFil: Badano, Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentin

Mitochondrial DNA ancestry, HPV infection and the risk of cervical cancer in a multiethnic population of northeastern Argentina

Background: Misiones Province in northeastern Argentina is considered to be a region with a high prevalence of HPV infection and a high mortality rate due to cervical cancer. The reasons for this epidemiological trend are not completely understood. To gain insight into this problem, we explored the relationship between mitochondrial DNA (mtDNA) ancestry, HPV infection, and development of cervical lesions/cancer in women from the city of Posadas in Misiones Province. Methods: Two hundred and sixty-one women, including 92 cases of patients diagnosed with cervical lesions and 169 controls, were analyzed. mtDNA ancestry was assessed through HVS1 sequencing, while the detection and typing of HPV infection was conducted through nested multiplex PCR analysis. Multivariate logistic regression was conducted with the resulting data to estimate the odds ratios (ORs) adjusted by socio-demographic variables. Results: The study participants showed 68.6% Amerindian, 26.1% European and 5.3% African mtDNA ancestry, respectively. Multiple regression analysis showed that women with African mtDNAs were three times more likely to develop a cervical lesion than those with Native American or European mtDNAs [OR of 3.8 (1.2–11.5) for ancestry and OR of 3.5 (1.0–12.0) for L haplogroups], although the associated p values were not significant when tested under more complex multivariate models. HPV infection and the development of cervical lesions/cancer were significant for all tested models, with the highest OR values for HPV16 [OR of 24.2 (9.3–62.7)] and HPV-58 [OR of 19.0 (2.4–147.7)]. Conclusion: HPV infection remains a central risk factor for cervical cancer in the Posadas population. The potential role of African mtDNA ancestry opens a new avenue for future medical association studies in multiethnic populations, and will require further confirmation in large-scale studies.Fil: Badano, Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Sanabria, Daiana Jimena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Tótaro, Roxana María. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Rubinstein, Samara. University of Pennsylvania; Estados UnidosFil: Gili, Juan Antonio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET.; ArgentinaFil: Liotta, Domingo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Picconi, Maria A.. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología; ArgentinaFil: Schurr, Theodore G.. University of Pennsylvania; Estados Unido

Genetic diversity of the JC polyomavirus (JCPyV) and mitochondrial DNA ancestry in Misiones, Argentina

Background: The use of human and viral genetic markers offers a novel way to study human migration in multiethnic populations of Latin America. Objectives: Our goal was to characterize the genetic diversity and geographical origins of JC Polyomavirus (JCPyV) and the genetic ancestry of mitochondrial DNA (mtDNA) in inhabitants from 25 de Mayo, Misiones-Argentina, a small village of largely German ancestry located close to the border with Brazil. We also evaluated the extent of agreement between viral and mtDNA markers for the different ancestry components of this population. Study design: 68 individuals were analyzed for JCPyV and mtDNA diversity. JCPyV detection and typing was conducted in urine samples by PCR amplification, sequencing and phylogenetic analysis of the VP1 gene. mtDNA ancestry was assessed through HVS1 sequencing, with the resulting haplotypes being classified into haplogroups of Amerindian, European and African origin. The distribution of JCPyV diversity and mtDNA ancestry in the population was statistically evaluated by Fisher exact test and the level of agreement of both markers at the individual level was evaluated by Cohen's kappa coefficient. Results: Our analysis showed that 57.4% of the samples were positive for JCPyV. Of these, the 47.6% were Asian-American Type 2, 33.3% European Type 1 and 19.1% African Type 3 in origin. The mtDNA ancestry of the study participants was 33.3% Amerindian and 66.7% European. There was a significant difference among the distribution of JCPyV diversity and mtDNA ancestry (p = 0.009) and at the individual level there was no correlation between the distribution of the both markers (κ = 0.154, p = 0.297). Conclusion: The apparent incongruence between JCPyV diversity and mtDNA ancestry may reflect the original settlement process and more recent migration to 25 de Mayo, the latter involving viral spread through migrants from Brazil. Some potential limitations to our interpretations are also discussed.Fil: Sanabria, Daiana Jimena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Mojsiejczuk, Laura Noelia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Meyer, Alejandro G.. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Mbayed, Viviana Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Liotta, Domingo Javier. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Schurr, Theodore G.. University of Pennsylvania; Estados UnidosFil: Badano, Ines. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Genetic characterization and clinical implications of human papillomavirus type 16 (HPV16) variants from northeastern Argentina.

BACKGROUND: Human papillomavirus type 16 (HPV16) plays a central role in the development of cervical cancer. Worldwide studies indicate the existence of HPV16 variants that show different geographic distributions and oncogenic potential. OBJECTIVE: Our goal was to describe the genetic variation of HPV16 isolates identified in urban women with different grades of cervical lesions living in northeastern Argentina. STUDY DESIGN: We analyzed 116 HPV16-positive cervical samples (16 NLIM, 62 L-SIL, 16 H-SIL and 22 cervical cancer) from patients attending health centers in Misiones (Argentina) during 2006-13. HPV16 isolates were genetically characterized through PCR amplification and direct sequencing of 364 bp within the long control region, and the resulting sequences classified into variants based on phylogenetic analysis (lineages A, B, C and D). A potential association between HPV16 variants and lesion grade was evaluated through an odds ratio (OR) test. A temporal framework for the origin of HPV16 variants was assessed through coalescence analysis (BEAST v 1.7.5). RESULTS: Phylogenetic analysis of HPV16 sequences showed that 92.1% of the samples clustered with lineage A, and 6.9% to lineage D. HPV16 variants from lineage D were more frequently associated with high-grade lesions and cancer (HSIL+) than lineage A variants at an OR of 13.8 (1.6-117.0). The time to most common recent ancestor (tMCRA) of all variants was 119,103 years before present (HPD 95%=48,486-197,239), a date consistent with the time frame for modern human evolution. CONCLUSION: Our results suggest that HPV16 variants from lineage D may represent an additional risk factor for the development of cervical cancer in women living in northeastern Argentina. This study provides new information about viral isolates present in Argentina that will contribute to the monitoring of HPV16 infection in the vaccine era.Fil: Badano, Ines. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Totaro, María Elina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Sanabria, Daiana Jimena. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Schurr, Theodore. University of Pennsylvania; Estados UnidosFil: Balette, Cristina Ileana. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Roisman, Alejandro. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; ArgentinaFil: Basiletti, Jorge Alejandro. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Adm.nacional de Laboratorio E Instituto de Salud "dr.c.g.malbran". Departamento Virus; ArgentinaFil: Picconi, María Alejandra. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Adm.nacional de Laboratorio E Instituto de Salud "dr.c.g.malbran". Departamento Virus; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Liotta, Domingo Javier. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentin